Dinding masjid ini pun terbuat dari kayu ulin. Permukaannya dilapisi cat berwarna kuning, yang melambangkan kesan agung dalam perspektif budaya Melayu. Warna itu berpadu serasi dengan rona hijau yang ditampilkan bagian atap.
Memasuki bagian dalam, pengunjung dapat langsung berada di ruang utama. Di sanalah, jamaah dapat melaksanakan shalat.Tampak 20 kayu yang menjadi tiang penopang atap. Enam tiang di antaranya berbentuk silinder dan berukuran lebih besar daripada lainnya. Diamaternya kira-kira mencapai 50 cm. Adapun 14 tiang lainnya berbentuk balok.
Ada tiga pintu utama dengan tinggi tiga meter. Letaknya bertebaran di sisi barat daya, tenggara, dan timur laut Masjid Sultan Syarif Abdurrahman. Di sebelah kiri dan kanan pintu utama, terdapat tiga pintu lagi.
Bedanya, ketiganya berposisi lebih rendah dengan ketinggian hanya dua meter. Sementara itu, di sisi sebelah kiri dan kanan pintu utama terdapat dua pintu. Secara keseluruhan, masjid kebanggaan masyarakat Pontianak ini memiliki total 20 pintu. Semuanya berdaun-pintu dua bilah, dan dibuka ke arah luar.
Salah satu corak arsitektur khas Borneo yang tampak dari masjid ini ialah pada bagian lantai. Masjid tersebut memiliki lantai panggung setinggi 50 cm. Bentuk panggung itu tidaklah asing di daerah dengan banyak sungai, seperti Kalimantan Barat.