Setelah itu, Syekh Yusuf al Makassari menetap di Banten dan diangkat menjadi mufti Kerajaan Banten di bawah pimpinan Sultan Ageng Tirtayasa. Ia juga dinikahkan dengan putri sultan Ageng bernama Ratu Aminah. Sejak itu pendidikan agama Islam di Banten semakin tumbuh pesat. Syekh Yusuf memiliki banyak murid di Banten termasuk 400 santri yang berasal dari Makassar yang dipimpin Ali Karaeng Bisai.  

Setelah 13 tahun menjabat sebagai Mufti di Kerajaan Banten, Syekh Yusuf harus melepaskan kedudukannya setelah Sultan Banten ditangkap Belanda. Tetapi meski tak lagi memiliki kedudukan, perjuangannya melawan Belanda tak kenal surut. Ia melanjutkan peperangan dengan taktik gerilya bersama Pangeran Purbaya dan Pangeran Kidul.  

Pada 1682, Sultan Ageng dikalahkan Belanda. Sementara Belanda terus memburu Syekh Yusuf al Makassari yang dianggap membahayakan Belanda dengan strategi gerilyanya. Lebih-lebih kebesaran nama Syekh Yusuf telah mampu mendatangkan dan menghimpun para pejuang dari berbagai wilayah untuk datang ke Banten. 

"Syekh Yusuf di dalam persembunyiannya mendengar kabar tentang tertangkapnya Sultan Ageng. Beliau tak henti menyusun strategi dan memimpin serangan pada kompeni. Kurang lebih 5000 pasukan termasuk lebih 1000 orang pelarian dari Makassar yang datang mengikuti Syekh Yusuf turut bergerilya. Terdiri dari suku Bugis dan Makassar yang melarikan diri akibat perang di Makassar pimpinan Arung Palakka. Suku Melayu pun turut bergabung dan siap mati untuk memerangi kompeni," (Kasma F Amin dalam buku Para Tawanan Perang : Kisah Syekh Yusuf Al Makassari dan Arung Palakka, penerbit Celebes Media Perkasa, 2017).  

Ikuti Whatsapp Channel Republika