Setelah Perang Salib, Chania kembali ke pemerintahan Bizantium selama berabad-abad, tetapi menjadi provinsi Ottoman sejak 1645, setelah pengepungan selama dua bulan. Kesultanan Utsmani atau Ottoman memperkuat tembok kota dan membangunnya kembali.
Pada masa Kesultanan Utsmani, kota Chania terkenal dengan pemandian umum dan air mancurnya. Gereja-gerejanya diubah menjadi masjid, dan seluruh pulau Kreta diubah menjadi kota timur.
Setelah kekuasaan Utsmani di wilayah tersebut stabil selama dua abad, pemberontakan bersenjata di pulau-pulau Yunani mengancam kehadiran Utsmani di Kreta. Banyak pemberontakan bersenjata terjadi melawan Turki Utsmani di Kegubernuran Chania, yang berpuncak pada Pemberontakan Besar pada tahun 1821. Pulau Kreta gagal dipertahankan, dan kota itu lepas dari kekuasaan Turki Utsmani.
Hingga pada 1841, seluruh wilayah Pulau Kreta kembali ke kendali Ottoman. Kemudian pada tahun 1898, "Negara Kreta" dibentuk di bawah pemerintahan Pangeran George dari Yunani, sebuah rezim unik di mana Kreta tetap menjadi bagian dari Kekaisaran Ottoman tetapi di bawah perlindungan dan jaminan sejumlah Kekuatan Besar, yaitu Inggris Raya, Prancis, Rusia, Italia, Jerman dan Austria. Saat itu Kota Chania dinyatakan sebagai ibu kota pulau Kreta.
Pada Mei 1941, selama Perang Dunia II, Chania dan bandara penting di Maleme menjadi lokasi Pertempuran Kreta yang terkenal, di mana pasukan terjun payung Jerman menyerang dan menduduki pulau itu. Ini adalah pertama kalinya dalam sejarah ada orang yang mencoba melakukan invasi hanya melalui udara.
Kota Chania ini mengalami kerusakan parah akibat pengeboman Jerman selama pertempuran. Setelah itu kota ini menjadi tempat pertempuran sengit antara pasukan Inggris dan Jerman, sebelum diubah menjadi barak militer Inggris setelah Jerman diusir dari sana. Dari situlah kota Chania mulai memiliki dimensi strategis utama yang diresmikan London dengan mendirikan pangkalan militer di kota tersebut.
Setelah perang berakhir, Chania dibangun kembali dan diperluas, khususnya pelabuhan di Teluk Souda. Kota ini dengan cepat menjadi tujuan wisata terkemuka karena pendapatan pariwisata menjadi bagian utama perekonomian kota tersebut.
Pasukan terjun payung Jerman...