Ada banyak pengikut Jenghis Khan yang tidak seagama dengannya. Tidak sedikit dari mereka beragama Kristen Nestorian, Buddha, dan Islam. Dalam masa pemerintahannya, sang khan agung tidak mempro mosikan agama tertentu, melainkan semua kepercayaan. Ia bahkan membebaskan para pemuka agama dan bangunan tempat ibadah dari penarikan pajak.
Di kemudian hari, toleransi terhadap keberagaman agama-agama rakyat juga dilanjutkan beberapa khan penerus Temujin. Misalnya, seorang cucu Jenghis Khan yang menguasai Cina selatan pada paruh kedua abad ke-13, Kublai Khan. Ia merupakan tokoh pemimpin-dunia pertama yang menetapkan hari be sar agama-agama sebagai hari libur resmi kenega raan.