Pada tahun-tahun setelah pembubaran Uni Soviet, presiden pertama Turkmenistan, Saparmurat Niyazov, menggantikan propaganda Soviet dengan identitas Turkmenistan yang nasionalistik, yang memiliki beberapa nilai yang sama dengan Islam. Perayaan dan ritual keagamaan telah diizinkan berlangsung dan telah dijadikan hari libur umum di negara ini. Masjid juga dibuka kembali.
Namun demikian, agama masih dikontrol ketat oleh negara dan pembatasan telah berkembang pesat lagi sejak kemerdekaan. Menumbuhkan jenggot untuk pria, yang dianjurkan dalam Islam, dilarang di Turkmenistan pada 2004 dan pembatasan itu baru dilonggarkan dalam beberapa tahun terakhir.
Menurut Undang-Undang Turkmenistan 1991 tentang Kebebasan Hati Nurani dan Organisasi Keagamaan, semua kelompok agama diharuskan mendaftar ke Kementerian Kehakiman. Proses pendaftarannya lama dan melelahkan. Kegiatan keagamaan yang tidak terdaftar menjadi pelanggaran berdasarkan Pasal 205 KUHP.
Selain itu, hanya organisasi keagamaan yang terdaftar yang dapat membawa buku-buku agama dari luar negeri. Hal ini praktis melarang impor buku-buku agama apa pun oleh seorang warga negara. Mufti, ulama Islam, ditunjuk oleh pemerintah, yang secara efektif memungkinkan Ashgabat untuk mengontrol narasi agama.
Turkmenistan telah berulang kali ditetapkan sebagai Negara Perhatian Khusus (CPC) oleh Departemen Luar Negeri AS sejak 2014 karena terlibat atau menoleransi pelanggaran berat kebebasan beragama. Pada 15 November 2021, Menteri Luar Negeri AS kembali menunjuk Turkmenistan sebagai BPK, tetapi juga sekali lagi melepaskan sanksi karena kepentingan nasional penting Amerika Serikat yang tidak ditentukan.