Masjid Merah Panjunan memiliki beberapa pintu berukuran kecil. Untuk memasuki pintu tersebut, para pengunjung mesti menunduk. Hal ini mengandung makna, seorang manusia harus tunduk di hadapan Allah SWT, apa pun posisi dan jabatan mereka di dunia.
Di dalam masjid ini terdapat mihrab berupa tembok putih. Keindahan keramik Cina dan Eropa tampak pada mihrab ter sebut. Nuansa Tiongkok tampak dari seba gian be sar keramik yang bermotif Qilin, naga, dan burung hong atau feniks (phoenix). Hewan tersebut adalah makhluk mitologi Cina.
Ada pula keramik yang dihiasi gam bargambar bunga dan pemandangan negeri Tiongkok. Keramik tersebut diketahui sebagai hadiah dari Ong Tien, seorang putri Cina yang kemudian diperistr Sunan Gunung Jati. Masjid ini memang dikenal sebagai tempat pertemuan para wali sanga.
Beberapa keramik lainnya menggambarkan cerita pertemuan antara orang Eropa dan bangsawan Cina. Ada pula ke ramik bernuansa biru yang mengambarkan pemandang an di benua tersebut. Benda-benda tersebut menunjukkan ke anekaragaman kehidupan budaya di Cirebon pada masa itu.
Di balik mihrab terdapat sebuah ruangan tertutup. Ruangan ini hanya dibuka pada saat hari raya Idul Fitri dan Idul Adha dengan izin pihak Keraton Cirebon. Ruangan kosong tersebut memiliki pilar-pilar kayu dan dinding berhiaskan kera mik.
Kain putih menutupinya agar pilar-pilar itu tidak kotor. Konon, ruangan itu dulunya adalah tempat pertemuan para wali sanga saat mengun jungi istana Pangeran Panjunan.
Selain bersilaturahim, mereka juga menyemarakkan ibadah di Masjid Merah Panjunan. Sunan Gunung Jati tiap Jumat berkhutbah di sana. Dia ikut merumuskan strategi dalam menyebarkan dakwah Islam khususnya di daerah Cirebon.