Inilah masjid kedua yang mulamula dibangun setelah Masjid Pejlagrahan di Cirebon. Masjid Merah Panjunan hingga kini masih tetap difungsikan sebagaimana biasa, yakni untuk penyelenggaraan sholat berjamaah, dakwah, pendidikan, dan tawa sulan. Lantaran memiliki nilai historis, bangunan seluas 150 meter persegi itu juga kerap ramai dikunjungi para wisatawan.
Meskipun berukuran kecil, Masjid Merah Panjunan tampak indah. Corak arsitekturnya begitu anggun dan khas. Di sana-sini, tampak representasi akulturasi budaya Jawa. Bahkan, ciri-ciri ornamen Hindu-Buddha juga terlihat, terutama pada bagian muka masjid itu. Walaupun mengalami beberapa perombakan, bangunan asli masjid yang juga cagar budaya ini masih tetap terjaga sampai sekarang.
Gerbang Masjid Merah Panjunan menyerupai pura. Bangunan utama dikelilingi pagar tembok berwarna merah bata yang dihiasi ornamen bunga matahari. Sementara itu, ornamen memolo menghiasi bagi an atap masjid. Bentuknya menyerupai mahkota raja-raja Jawa.
Di sisi kiri masjid ini, terdapat bentuk bagian yang diyakini sebagai patilasan. Ada pun sisi kanannya menjadi lokasi tempat wudhu. Deras air tak berhenti mengalir dari sumur tua yang sudah ada sejak berdirinya kompleks peribadahan ini.